Filtry wewnętrzne mogą spełniać zarówno funkcję filtracji mechanicznej, jak i biologicznej. Która z tych ról będzie dominująca zależy od budowy samego filtra oraz od zastosowanych mediów filtracyjnych - najczęściej wyposażone są w gąbkę i ceramikę lub zeolit.

Filtr wewnętrzny montowany jest w środku akwarium za pomocą przyssawek do szyby.
Dodatkowo większość takich filtrów ma opcję napowietrzania wody przez deszczownię lub zwężkę ventuliego, zasysającą powietrze przez specjalnie wyprowadzoną rurkę.
Często filtry wewnętrzne służą jako uzupełnienie filtra zewnętrznego.